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要关闭京东付款发短信的免密支付功能，可以按照以下步骤操作。
1、登录京东APP或网站，进入“我的京东”页面。
2、点击右上角的设置图标，进入账户设置页面。
3、在账户设置页面中，找到“支付设置”选项并点击进去。
4、在支付设置页面中，找到“小额免密支付”选项。
5、点击“小额免密支付”关闭相应选项，需要验证支付密码。
6、验证成功后，即可成功关闭京东付款发短信的免密支付功能。
具体的操作步骤可能因京东APP版本或操作系统的不同而略有差异，如有任何疑问或困难，建议联系京东客服进行咨询，关闭免密支付后，付款时可能需要重新验证支付密码，可能会带来一些不便，确保在关闭免密支付功能前了解其可能带来的影响。